两者之间最大的区别在于所谓来源的不同，一种是从天然物质中提取的，如甜菜碱可以从甜菜制糖以后的糖渣中进行提取，这也是甜菜碱得名的由来;另一种是化工合成的，用到的主要原料为氯乙酸和三甲胺。有人认为天然的物质就是好的，其实这里面存在着很大的偏见，拿天然甜菜碱来说，从糖渣中提取甜菜碱的过程本身就是一个工业加工过程，免不了使用萃取剂等一些化学原料。从本质上来讲两者是完全相同的，分子式都是C5H11NO2，如果两种产品都能做到百分之百的纯品，那从理论上讲它们是毫无差别的。现实中，无论天然甜菜碱抑或是合成甜菜碱都做不到百分之百的纯度，所以，质量的好坏关键在于控制环节。举例来说，我们出口到美国的医药级甜菜碱就是化工合成的，而国外一些天然甜菜碱只能作为饲料添加剂来使用，而达不到医药级标准。所以说关键在于重金属、副产品、有毒有害物质的控制，而不是来源。
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